Hay que salir de la Facultad de Medicina y atravesar el campus universitario para llegar al edificio de la Biblioteca, en cuyo primer piso se encuentran la mayoría de las salas del museo. Entramos directamente en la Farmacia cuyas estanterías conservan más de mil frascos, con productos naturales, químicos, oficinales y específicos, con los que se elaboraban los medicamentos. La mayoría proceden del Hospital Civil de Basurto, pero también de algunas farmacias privadas como Urrutia y Aristegui de Bilbao, Aramburu de Plentzia y Gabilondo de Bermeo.

Algunos productos se remontan a finales del siglo XIX pero la mayoría son de principios del siglo XX y del período de entreguerras mundiales, en todo caso antes de la irrupción de las grandes multinacionales farmacéuticas.

Se exponen también aparatos y objetos para la preparación de los fármacos, entre los que destacamos los alambiques; alquitara; una balanza de alta precisión; la balanza Beranger con zócalo de madera; los morteros de bronce y de piedra; el jarabero; la tolva ó molinillo de drogas y la máquina compresora para fabricación de comprimidos.

Medio centenar de botámenes en cerámica y algunos formularios y farmacopeas del siglo XIX completan la sala.

En un lateral, junto al hall de entrada del Museo se puede contemplar el gran mural de la historia de la medicina vasca, obra del Julián Lázaro, que recorre desde los viejos hospitales de la ruta jacobea hasta los hospitales y universidades donde se han formado los médicos vascos.