El variado material del laboratorio clínico, consta principalmente de instrumental para análisis clínicos, como pequeños colorímetros, hemómetros y hematímetros con cámaras cuenta glóbulos, ureómetros, turbidímetros, polarímetro, etc, También puede encontrarse una antigua estufa de cultivo biológico, una centrífuga colgante y una interesante colección de microtomos. Esta sala que actualmente no se halla expuesta al público, se ha formado gracias a las donaciones de instituciones como el Laboratorio Municipal de Bilbao, el Instituto de Sanidad Provincial, y algunos médicos como el Dr Atucha cuya Biblioteca médica se encuentra en esta sala. También se conserva una amplia colección de revistas médicas del siglo XX.