De la sala de esterilización pasamos a la sala de microscopios. La microscopía avanzó enormemente en la segunda mitad del siglo XIX, permitiendo la identificación de los gérmenes responsables de las enfermedades infecciosas. Una amplia colección de microscopios, triquinoscopios, espectroscopios, sacarímetros, colorímetros, etc, fabricados por empresas alemanas y francesas, componen esta sala. Se complementan con un elevado número de preparaciones anatomopatológicas de principios del siglo XX, como las del Dr Ángel López del año 1919. Las adquisiciones más recientes son dos microscopios electrónicos de las décadas de 1970 y 1980.