1. Sala Seminario
Primera sala del Museo que se dedica a la docencia, impartiéndose en ella clases, seminarios y prácticas de aula de los alumnos de medicina y enfermería. Periódicamente se organizan sesiones científicas como conferencias, mesas redondas, jornadas, etc. y se ha utilizado también para defensa de tesis doctorales, tesinas y otras presentaciones públicas. En las 200 sesiones científicas que se han celebrado han pasado por esa tribuna figuras relevantes como Caro Baroja, Barandiarán, Ajuriaguerra, Barriola, Villasante, Granjel, Monreal, Charritton, Cid, Thillaud, Gourevitch, etc.
Alberga una amplia biblioteca de historia de la medicina y de la ciencia y sirve como Sala de Lectura para los investigadores y estudiosos que vienen a consultar sus fondos.
Entre los objetos expuestos en esta sala destacan los microscopios personales de los Dr. Toledo, Axpe, Laffita, Corral, Feijo, Posse, etc. Destacamos también los maletines quirúrgicos de principios y mediados del siglo XIX, así como los equipos de cirugía oftalmológica y urológica de los Dr. Epalza y Guimón de principios del siglo XX.
Las librerías, estanterías y vitrinas, cargados de antigüedad, realzan el aspecto de esta sala dedicada al gran investigador Julio Caro Baroja (1914-1995).